أخطرت النيابة العامة المعزول مرسي بتوجيه تلك التهمة إليه يوم 19 يناير 2014، المتهم فيها المعزول محمد مرسي و24 آخرين من جماعة الإخوان المسلمين، ووجه قاضي التحقيق للمتهمين سب القضاء والإدلاء بأحاديث في القنوات التليفزيونية والإذاعية ومواقع التواصل الاجتماعي، وتوجيههم عبارات تحمل الإساءة والازدراء والكراهية للمحاكم والسلطة القضائية.
-القضية الثانيةالهروب من سجن وادي النطرون
صدر يوم 21 ديسمبر من عام 2013 قرار بإحالة المعزول و130 متهما بينهم عدد من قيادات الإخوان أبرزهم محمد بديع والكتاتني ويوسف القرضاوي ومحمود عزت والبلتاجي والعريان وسعد الحسيني، حيث وجهت النيابة تهمة الهروب من سجن وادي النطرون ومقاومة الضباط بأسلحة ثقيلة واقتحام السجون خلال ثورة يناير.
-القضية الثالثة : التخابر
صدر في 18 ديسمبر 2013 قرار بإحالة مرسي و35 آخرين إلى الجنايات بتهمة التخابر مع منظمات وجهات أجنبية وإفشاء الأمن القومي، ووفق الاتهامات الموجهه له من قبل النيابة العامة فإن الجهات التي يرجح أن يكون مرسي تخابر لأجلها هي "حماس" و"حزب الله" والحرس الثوري الإيراني.
-القضية الرابعة : قتل المتظاهرين والمعروفة "أحداث الاتحادية"
صدر في الأول من سبتمبر عام 2013 قرار بإحالة مرسي و14 آخرين إلى الجنايات بتهمة قتل المتظاهرين، من بينهم الصحفي الحسيني أبو ضيف، ويواجه المتهمون تهمة القتل العمد مع سبق الإصرار واحتجاز المتظاهرين والتنكيل بهم، وحكمت محكمة جنايات القاهرة على المعزول محمد مرسي و14 آخرين بالسجن المشدد 20 عاما لاستخدامهم القوة ضد المعتصمين أمام قصر الاتحادية في ديسمبر 2012.
-القضية الخامسة : تسريب وثائق إلى قطر
صدر يوم السادس من شهر سبتمبر عام 2014 قرار بإحالة مرسي وآخرين إلى الجنايات، حيث وجهت النيابة لهم تهما متعددة أبرزها سرقة تقارير تخص الأمن القومي وتسريبها إلى قطر، وكانت تلك التقارير تتضمن معلومات حول القوات المسلحة وأماكن تمركزها.