كان قائدًا لقوات الدفاع الجوي المصري في 23 يونيو عام 1969، وظل قائدًا للدفاع الجوي أثناء حرب الاستنزاف ثم حرب أكتوبر 1973 وكان له دور كبير في النصر عن طريق قيامه ببناء حائط الصواريخ المصري ولقب بـ «ابو حائط الصواريخ» ووصفته مجلة (أرميه) العسكرية الفرنسية بأنه : (من أبرز الشخصيات العسكرية في العالم، وأحد كبار المتخصصين في النواحى الفنية العسكرية)، وقال عنه (هودز) رئيس مجلة (أسبوع الطيران وتكنولوجيا الفضاء) الأمريكية : (إنه مهندس معركة الدفاع الجوى في حرب أكتوبر 1973 م) بعد نهاية حرب أكتوبر 1973 تولى محمد علي فهمي رئاسة أركان حرب القوات المسلحة وذلك في عام 1975، وفي عام 1978 اختاره الرئيس الراحل محمد أنور السادات مستشارا عسكريًا له. توفي المشير محمد علي فهمي في سبتمبر، 1999.